北陸新幹線は現在、金沢－敦賀間の2023年春開業を目指して延伸工事が行われています。そして、敦賀－小浜－京都－松井山手－新大阪のルートが決定し、2031年着工・2046年開業に向けて計画が進められています。
小浜－京都間の具体的なルートは未定ですが、北山をトンネルで貫き、市街地は土地の所有権が及ばない地下40m以下の大深度工法によって京都駅につなぐと推測されます。そして、京都－松井山手間は、京都駅から上鳥羽あたりまでは大深度工法、上鳥羽から地上に出て、阪神高速8号京都線・第二京阪道路の高架の上に新幹線を敷設するか、新たに用地を買収して新幹線単独の高架を建設するものと考えられます。いずれにしても、巨椋干拓地を貫くことは間違いないようです（地図参照）。
この巨椋干拓地は京都府内における極めて重要な野鳥生息地です。新幹線の敷設によってその良好な環境が損なわれ、生息状況が大きく変化することが予想されることから、当支部では以下の鳥類生息調査を実施しています。